临床需根据患者扁桃体发炎的次数而判断是否需要切除扁桃体，如果患者1年内扁桃体炎发作超过7次，或连续2年发作，每年发作次数超过5次，或连续3年发作，每年发作次数超过3次，或发作频率更高，此时患者需进行扁桃体切除手术。患者的扁桃体是病灶扁桃体，通过扁桃体切除手术，可以帮助改善机体的免疫功能状态。
如果患者扁桃体炎发作时时，伴发扁桃体周围炎，甚至扁桃体周围脓肿，即便不再发作，也建议患者进行扁桃体切除术。此时对于患者而言，进行扁桃体切除手术相对较好。如果患者的扁桃体反复发炎，未达到上述指征，而是出现其他问题，比如心脏疾病，风湿性心脏病，急性肾小球肾炎，无痛性血尿、蛋白尿，或牛皮癣、类风湿性关节炎等，此时均可以考虑患者可能出现扁桃体反复发炎，尤其是β-溶血性链球菌感染而引起扁桃体发炎，建议进行扁桃体切除术，对于患者而言利大于弊。
