不同病因的腮腺炎在临床的治疗方法不同。化脓性腮腺炎大多由金黄色葡萄球菌或链球菌感染引起，腮腺局部红肿热痛，挤压腮腺导管口有脓液溢出。对于化脓性腮腺炎要选用大剂量青霉素或第一、二代头孢菌素类等药物治疗，也可从患者的腮腺导管口取脓液进行细菌培养及药敏试验，根据药敏结果调整敏感抗生素.在早期可湿敷、理疗、外敷。另外，碳酸氢钠溶液、口泰等漱口剂有助于炎症的控制，同时纠正水电解质以及酸碱平衡。当疾病发展至化脓时，需手术切开引流。
流行性腮腺炎常见于腮腺炎病毒感染，疾病流行、患者有接触史时需隔离。该疾病以药物对症治疗为主，减轻症状，防止产生并发症。成人可用抗病毒药物利巴韦林，对于重症或并发病毒性脑膜炎，心肌炎等，可考虑短期使用肾上腺皮质激素，氦氖激光局部照射腮腺。