阿莫西林和阿奇霉素都属于抗菌药物，区别在于属于不同类型的抗菌药物，所以其药理作用、结构类型、用药的注意事项都有所区别，具体如下：

1、阿莫西林：属于β-内酰胺类抗生素，具体属于青霉素类药，可以用于治疗敏感菌所导致的一系列感染，如上呼吸道感染、下呼吸道感染、泌尿生殖道感染、皮肤软组织感染。还可和克拉霉素、PPI类制剂和铋剂等三联或四联联合用药，用于幽门螺杆菌根除治疗，通常需要服用较长时间，由于阿莫西林属于青霉素类药物，用药前必须要做皮试；

2、阿奇霉素：属于大环内酯类抗菌药物，其抗菌谱与阿莫西林不同，也通常用于治疗敏感菌所导致的支气管炎肺炎等下呼吸道感染，还有皮肤软组织感染，包括鼻炎、咽炎、扁桃体炎等上呼吸道感染一系列疾病的治疗。