药物流产时需要服用两种药，即米非司酮与米索前列醇，一般服用第二种药后胚胎能够排出，多数患者可能在吃完第二种药当日排出或次日排出。药物流产的服药方法是前2天吃米非司酮，主要作用是杀死胚胎、软化宫颈，而米索前列醇主要作用为软化宫颈和促进子宫收缩。所以前两天吃完米非司酮，胚胎一般不会自行排出，在第3天服用米索前列醇后，引起子宫收缩后胚胎才可排出。

如果患者药流超过一定时间，胚胎仍未排出，说明药流可能失败，需要进行手术清宫。所以药物流产整体失败率较高，约20%的患者易出现药流不全，出现药流不全时则需要再次进行清宫。