肾盂肾炎通常会选择广谱类抗生素进行治疗，抗生素主要覆盖革兰氏阴性杆菌，为肾盂肾炎比较常见的致病菌，常用的药物选择有以下几种：

1、青霉素类加酶抑制剂：一般长期选择青霉素类加酶抑制剂，比如阿莫西林、他唑巴坦、安灭菌等为首选药物；

2、第二代头孢菌素：如果患者对青霉素过敏，则可能选择第二代头孢菌素进行治疗，比如头孢克洛或头孢唑肟等；

3、培南类药物：如果患者以上两种药物治疗效果较差，则可以应用美罗培南药物进行治疗，其对厌氧菌，以及革兰氏阴性杆菌的治疗效果比较强，也是在急性肾盂肾炎期，能够用到较高级别的抗生素。

应用抗生素治疗的疗程达到2周左右，大多数急性肾盂肾炎患者均被治愈，只有相对复杂，或合肾实质感染、肾囊肿的患者，可能会更换抗生素，甚至延长疗程3-4周，从而将整体的感染得到控制。