临床上的复杂肛瘘，或者是高位肛瘘、特殊病因的肛瘘，治疗起来相对困难。

肛瘘在临床上非常常见，通常可以把肛瘘，分为普通肛瘘和特殊病因的肛瘘。普通肛瘘是肛窦炎、肛旁线的炎症，引起肛周脓肿破溃以后形成肛瘘。

而特殊病因的肛瘘，比如肛周的结核，可以引起肛周感染形成肛瘘，以及肛门周围的这种克罗恩病，是一种免疫性的疾病，也可以引起肛门周围的感染，形成肛瘘。通常特殊病因的这种肛瘘，治疗起来相对更困难，需要先治疗原发病，然后再针对肛瘘进行治疗。

而单纯的普通肛瘘，又可以分为，低位肛瘘和高位肛瘘，低位肛瘘是没有瘘管的，没有涉及到括约肌的深部和耻骨直肠肌，这时候单纯的瘘管切开，就可以治愈，因为不涉及到括约肌深部，和耻骨直肠肌，所以这时候不容易引起肛门失禁。

而高位肛瘘因为涉及到了肛门括约肌的深部，和耻骨直肠肌，所以这时候需要给患者挂线治疗，即瘘管通过肌肉的部分，要挂一个橡皮筋，让肛门括约肌被慢慢切断，这时候不至于引起肛门失禁。

另外肛瘘还有多个内口和外口的复杂肛瘘，那么这种情况需要认真去寻找瘘管和瘘口，如果要是没有把瘘管完全打开，也很容易复发，因此也比较难治疗。