孩子打流脑疫苗后出现发烧39℃，多数情况下没有进行特别干预，疫苗应该还有效，但是也有些孩子可能会对疫苗的效果有影响，具体如下：

1、有效：有些孩子打疫苗后，多数的免疫反应是在38.5℃以下，有个别孩子可能会出现39℃的发烧，一般进行对症的退热处理，多数孩子的疫苗还是应该有效，并不要过于焦虑；

2、可能失效：但是也有些孩子在打完流脑疫苗之后，出现的发烧39℃是疾病造成，比如打疫苗前就存在潜在的疾病状态，因为打疫苗，孩子的免疫状态发生改变，出现高烧39℃，或者是在打疫苗的过程中，接触外界的病原微生物造成感染，或者是其它疾病造成39℃，如果使用药物，可能对疫苗会有影响。这时要注意观察孩子的状态，如果打疫苗后长时间出现药物的治疗作用，可能会影响疫苗的效果，这时可以到医院进行相关检查，明确疫苗是否还有效。

多数孩子出现发烧，如果是比较短时间的一过性发热39℃，不影响疫苗的效果。所以在孩子打疫苗前，一定要明确孩子是否存在疾病状态。如果存在潜在的疾病状态，一定要注意避免给孩子打疫苗，避免出现发烧，影响孩子的机体状态，影响疫苗效果的情况。