病毒性脑炎治疗疗程通常为2周，但是要根据不同病原学判断。脑炎有多种病毒引起，分为DNA病毒与RNA病毒，DNA病毒较常见的包括单纯疱疹病毒、巨细胞病毒、EB病毒等，RNA病毒包括肠道病毒，如手足口病毒、腮腺炎病毒、乙脑病毒等。

如果为单纯疱疹病毒脑炎，抗病毒治疗的阿昔洛韦要足疗程用到2周，2周后要根据患者情况进行判断。如果复查患者脑脊液显示DNA阳性，需再巩固治疗1周。其它病毒如柯萨奇病毒或者其它肠道病毒，一般对症治疗5-7天后情况改善，患者可以出院。部分重症脑炎，如EV71或者乙型脑炎病毒引起的脑炎，并没有特效的抗病毒药，只能对症处理，如支持疗法、增强抵抗力，降颅压治疗、针对惊厥治疗，总体属于综合治疗，疗程一般较久，可能在3-4周。