胃脂肪瘤是良性疾病，发生恶变的可能性微乎其微，前提是一定要诊断清楚确实是脂肪瘤。胃脂肪瘤存在于黏膜之下，容易和内分泌肿瘤相混淆，这时候需要做超声内镜，明确肿瘤层次、范围大小。必要时可以行完整的肿瘤切除，明确细胞类型，定性是不是脂肪瘤，防止和其它内分泌肿瘤等混淆。
如果确实诊断是胃脂肪瘤，预后应该非常好，基本上不存在恶变可能性。如果发现胃部有占位性病变，又不是来源于黏膜，超声内镜可以定疾病深浅。胃脂肪瘤可以直接进行切除。也可以继续观察，看有没有长大的趋势，需不需要进行内镜或者手术干预。如果直径比较大，发生胃穿孔等情况，修复比较困难，可以考虑腔镜下切除。
