目前全世界还没有药物，能够彻底清除乙肝病毒，乙肝病毒为如此顽固的原因，主要是因为出现慢性感染后难以完全清除，但是由于此病毒的基因可以与人体干细胞基因发生整合，甚至形成共价闭合环状DNA，称为cccDNA。而这种DNA在肝细胞内部，与肝细胞本身的基因片段、染色体之间发生整合。与人体干细胞基因发生整合的乙肝病毒基因，通常难以清除，因为其与肝细胞共存亡。所以通常只要人体存活，肝细胞还在存活，乙肝病毒就仍然存在。

目前没有药物能够将共价闭合环状的DNA，通过受感染者的基因序列将其清除，通常较为困难。但目前现有的药物，通常能够完全控制乙肝病毒的复制，使血清里的HBV-DNA水平控制在阴性状态，避免肝脏病情的发展，避免肝硬化或者肝硬化晚期并发症的出现。所以目前此种治疗水平，已经是比较理想的一种状态。