奥美拉唑和泮托拉唑都属于质子泵抑制剂，都是属于抑酸药，所以治疗的适应证相同。主要区别是由于作用于细胞上的靶点不同，所以二者作用的时效性也有所不同，而且2个药物的代谢途径不同，所以药物之间的相互作用也存在不同。

相比较而言，泮托拉唑的作用时间，即其持续的抑酸时间要比奥美拉唑要长，所以在治疗酸相关性胃病时，有时候奥美拉唑需要1天2次的用药，而泮托拉唑的用药往往提示1天只需要1次。

由于二者的代谢途径不同，奥美拉唑是经过肝脏p450酶的代谢，所以如果其他药物也是通过肝酶代谢，2个药物之间就会互相影响，奥美拉唑有可能就会减弱其他药物的作用。而泮托拉唑的代谢途径不同，不通过肝脏的p450酶的代谢，所以对这类药物的影响相对要少。

所以在心血管科，如果患者同时合并治疗心脏的药物，比如抗血小板的这类药物，这时候可以选择泮托拉唑，对药物的影响小，从而不影响其他药物的作用。