自主神经系统不平衡俗称植物神经功能紊乱，可有心慌、虚汗、小便次数增多，甚至出现心功能障碍。不能与抑郁症完全划等号。出现上述症状不意味着一定是抑郁症，但抑郁症倒可能伴随有植物神经功能紊乱，合理性更强。植物神经功能紊乱较常见于焦虑症，症状较多，病人就医的愿望较迫切，多数躯体症状也会伴发植物神经功能紊乱。抑郁症相对症状更重，患者通常觉得活着没有意义，甚至兴趣减少、乐趣丧失。所以诊断抑郁症时需有核心症状，并需由神经心理科医师判断，做相关检查才能决定。
植物神经功能紊乱除见于焦虑症外，还可见于抑郁症，也可见于其他器质性疾病，如特发性自主神经功能紊乱，为神经变性疾病，可以出现植物神经功能紊乱。其他神经变性病如帕金森病、多系统萎缩也可表现为植物神经功能紊乱。因此导致植物神经功能紊乱的疾病较多，不能直接将自主神经机能不稳与抑郁症划等号。