输尿管结石碎石对身体的伤害并不大，但确实是有损伤。如果体外冲击波可以将石头敲碎，虽然是冲击波是硬碰硬的原理，对硬的东西造成的损伤更大，但并不是对周围柔软的组织，比如输尿管或对肾一点损伤都没有，也不现实。因为在临床上确实看到过，因为设置的体外冲击波碎石能量过高，导致肾脏破裂或输尿管损伤的案例，只不过是相对较少。

目前碎石机的设置以及有经验的碎石技师，都会把能量控制在安全的范围之内，而且输尿管结石的碎石在临床上非常严格，需要在碎石1周以后需要做复查，如果还有残石再做碎石。所以碎石本身已经被人为规定，不能够连续做，对身体的恢复，尤其是避免在同一部位，反复多次的碎石，容易造成身体，尤其是结石周边内脏器官的损害。