耐药性肺结核病人多数使用二线药物，现在某些一线药物可能对耐药性肺结核病人没有作用，所以要用二线药物。二线药物包括喹诺酮类还有贝达喹啉，贝达喹啉是相对较新的药。多数二线药物的副作用比一线药物大，具体有以下几点：

1、喹诺酮类药物，如左氧氟沙星、莫西沙星等有精神兴奋作用，还可以引起病人跟腱疼表现；

2、贝达喹啉有较大副作用，尤其对心脏的影响，会造成心电图QT间期延长；

3、阿米卡星对耳蜗神经还有肾脏都有损害，会引起尿蛋白，尿潜血，尿中有红细胞等情况，还有些病人因使用阿米卡星以后出现听力下降。

综上所述，所以二线药物相对来说副作用比较大。