三九胃泰可以治疗慢性萎缩性胃炎，其具有清热燥湿、消炎止痛、行气和胃、活血化瘀、滋阴清热作用，因此对于疾病导致的湿热阻滞、气血阻滞、阴虚内热、气滞血瘀等具有一定治疗作用。

慢性萎缩性胃炎从中医角而言，具有脾气虚弱、气血不足、脾胃虚寒、胃阴不足等证候表现，三九胃泰具有相应功效。因此，对于萎缩性胃炎所出现的胃胀、胃痛、反酸、烧心、嘈杂、不适、食欲不佳、纳差、早饱、嗳气、呃逆等症状，此药具有一定治疗作用。