脑萎缩不可逆，无法让脑细胞再生，仅可延缓进一步萎缩。脑部神经元是永久性细胞，一旦丢失、死亡，就不可能再生。所以脑萎缩的治疗方式相当有限。

临床上依据不同病因会有不同的预后。如果脑萎缩继发于外因，比如外伤之后，手术之后局灶脑萎缩，或者以前中毒，比如一氧化碳中毒，或低氧、低血糖，去除诱因之后可以进行康复锻炼恢复。对于退行性疾病，比如非常常见的阿尔茨海默病，是神经元退化凋亡的过程。对于这种情况，目前在早期可以有保护脑细胞的药物，比如多奈哌齐、茴拉西坦等，但只能延缓萎缩速度，并不能逆转疾病。