甲硝唑在治疗妇科阴道炎的时候，可以选择阴道填塞局部用药。甲硝唑是抗厌氧菌的抗生素，对于阿米巴原虫、滴虫以及厌氧菌，包括阴道的加特纳菌都具有比较好的消炎、抑菌作用。如果女性患有滴虫性阴道炎或者细菌性阴道炎时，这两种生殖道感染性疾病的致病微生物对于甲硝唑都比较敏感。
细菌性阴道病主要是阴道的加特纳杆菌引起，它是一个厌氧杆菌，治疗首选的药物是甲硝唑，可以口服，也可以阴道填塞，治疗后复查，同时要做到夫妻之间同时治疗。滴虫性阴道炎它是由于阴道毛滴虫感染而引起的一种生殖道感染性疾病，阴道毛滴虫也是甲硝唑敏感的细菌，所以在治疗过程中也可以选择甲硝唑片阴道填塞。