Y染色体检测方法与其它染色体检测方法没有明显区别。染色体检测方法都需要采集患者2-3ml外周血液，外周血液采集过程需要肝素钠抗凝。采出来血液以后需要培养，培养要求很严格，培养72个小时以后，用特殊试剂进行收获、制片、显带、分析等步骤，则可以看Y染色体及其它染色体形态，通过详细分析，则知道染色体有没有问题，包括Y染色体有没有问题。

还有部分Y染色体需要进行Y染色体微缺失检查，比如临床上检测有无精子或者精子较少，除Y染色体检查，还要考虑检查Y染色体微缺失。Y染色体微缺失是用分子方法检测，有别于Y染色体检测。部分孩子出生后，从外生殖器上面看不清是男孩还是女孩，需要通过染色体检查确定患儿到底是男孩还是女孩，有利于日后给患儿进行外生殖器手术矫正。