先天性膈疝手术后遗症主要如下：

1、胚胎时期：可通过超声检查发现先天性膈疝患儿，多采取宫内治疗，常采取胎儿镜气管封堵术，但该方法具有较多并发症，包括胎膜早破、胎盘、胎儿损伤、流产、早产、羊水渗漏及羊膜腔感染，甚至可波及母体，造成母体肺水肿及脏器损伤等；

2、新生儿阶段：胎儿出生后即为新生儿，如果新生儿出现先天性膈疝，且疝发生嵌顿，需进行急诊手术。其次为亚急诊手术，即患儿出生经过初步治疗后需尽早手术解除疝内容物对心肺的压迫。最后为延期手术，此类情况相对较好，可改善肺功能、降低肺动脉压、稳定患儿基本情况后再行手术。但该手术多伴有胸腔积液及复发。单纯胸腔积液一般问题不大，一段时间后可自行吸收。若出现复发则需进行二次手术。