建议先天性巨结肠患儿2个月左右做巨结肠根治手术，2个月大耐受性比较好，大多患儿能够耐受手术，术后出现并发症的几率比较小。如果拖迟到6个月以上做手术，术后容易出现巨结肠的并发症，比如营养不良、贫血等症状，时间久了巨结肠引起消化道的毒素吸收，引起体内营养代谢障碍出现营养不良。

随着医疗技术和护理水平的不断提高，手术方式和技巧逐步改善，原来先天性巨结肠患儿的手术年龄从1岁以上，体重10kg以上，到目前生后2个月左右或者年龄更小行根治手术。目前国内专家有争议是否能在新生儿期做巨结肠手术，但手术风险比较高，若新生儿期做巨结肠手术，术后易引起小肠结肠炎等并发症。