在治疗功能性胃肠疾病和部分胃肠疾病的疑难杂症上，中药较有优势，如功能性消化不良，多因肝胃不和、降胃气上逆导致。所以一般经过用疏肝解郁，和胃降逆的药即可起到很好的效果。还有肠易激综合征、难治性的胃食管反流病，西医认为与内脏神经敏感有关，这时应用质子泵抑制剂可能效果不佳，反而中医治疗可获得很好的疗效。

部分长期综合征，基本为调节肠道神经，微生态制剂等治疗，可能西医疗效不一定好，而中医的治疗常可取得较好的疗效。还有顽固性的，如胃肠疾病，包括溃疡性结肠炎。部分人应用美沙拉嗪、激素药物可能效果不佳，加用中药治疗后，反而起到很好的疗效。所以在治疗胃肠疾病上，中医治疗较有优势。