肾囊肿积水的治疗主要取决于积水的严重程度，如果是重度积水，则要对肾囊肿进行相应治疗，主要为手术治疗。一般先评估积水的程度，主要是在超声下观察病人肾盂分离的程度，如果肾盂分离<4mm，一般不需要处理。如果肾积水肾盂分离在4-9mm，一般认为是轻度积水；肾盂分离在9-14mm，一般认为是中度积水。

肾盂分离>14mm，通常认为是重度积水，如果病人出现重度积水时间比较长，则可能会对肾功能造成一定影响，这时需要对其进行处理。通常是针对肾囊肿进行处理，治疗方法主要是手术治疗，包括穿刺抽囊液及打固化剂、去顶减压、肾囊肿切除术。对肾囊肿进行处理以后，则可以改善积水的程度。