慢性结肠炎属于统称，多种原因导致结肠慢性炎症都称为慢性结肠炎。所以慢性结肠炎病因较为复杂，常见病因是一种非特异性结肠炎，例如肠易激综合征、肠道菌群失调、小肠吸收不良。

一般认为慢性结肠炎与感染、免疫遗传、环境、食物过敏、防御功能屏障及精神因素有关。所以慢性结肠炎是否严重主要依据引起慢性结肠炎病因，需要积极寻找致病原因，对抗病原体，消除肠毒素，改善症状。例如慢性结肠炎是因为精神紧张过度引起或食用不洁食物引起，需要对症处理，积极调整情绪，避免不洁饮食，这样防止结肠炎复发。慢性期主要以保守治疗为主，爆发型或内科疗效不佳的结肠炎，可以采用外科手术治疗。