捐献造血干细胞过程并无痛苦，类似于抽血的过程，捐献时两侧肘静脉穿刺会产生疼痛，但仅为穿刺的疼痛，不会产生抽骨髓似的疼痛。

具体过程为从捐献者一侧的肘部静脉，引出一个管路，连接于仪器，然后另外一个管与另一侧的肘部静脉相连，即仪器从一侧把血液引到其内，经过离心采出干细胞，剩下的血液成分，再从另一侧静脉输回体内。