甲状腺癌属于恶性肿瘤，预后与病理类型以及疾病分期相关。目前大多数甲状腺癌患者属于早期，且80%-90%以上病理类型为乳头状癌，术后预后较好。髓样癌或未分化癌，预后可能较差。大部分预后良好患者按时服药、定期复查，完全可恢复正常的工作及生活，与常人无异，无需过于担心，治疗后可达到康复状态。
恶性程度较高或发现较晚的患者，如肿瘤侵犯神经或气管，不得不行手术切除，会不可避免地造成术后声音嘶哑、气管造瘘或甲状旁腺功能减退、缺钙等现象，对生活有一定影响。