月经期头疼有很多原因，具体如下：

1、经前紧张综合征，中医称为经行头痛，和内分泌有关系，因为激素水平变化使头部血管有小的痉挛，会出现头痛的情况，是因为内分泌导致前列腺素变化；

2、有的患者本身有偏头痛，在经期或者月经前后会加重；

3、女性在月经期情绪存在波动，中医上是肝郁血虚，以致血不养经，在月经期就会出现头痛。

如果头痛症状轻，可服用舒肝的药物，比如逍遥丸。如果头痛很严重，需要做进一步的检查，比如做头颅血管超声看有无其它异常。如果患者头疼很厉害，明确是月经引起的头痛，可以服用止疼药。