自身免疫性肝病诊断的金标准是做肝组织穿刺，以及肝脏的病理活检，在显微镜下进行鉴别诊断。自身免疫性肝病属于慢性肝脏疾病中的大类，具体可以分为自身免疫性肝炎即AIH、原发性胆汁性肝硬化即PBC、原发性硬化性胆管炎即PSC。诊断自身免疫性肝病，需先将引起肝脏疾病的其他因素除外，如乙型肝炎、丙型肝炎、药物性肝病、遗传代谢性肝病，以及最常见的酒精性肝病。除外其他因素后，再考虑自身免疫性肝病。

部分特异性指标，可提示自身免疫性肝病的存在。常用的化验项目中有肝脏自身相关抗体，包括抗核抗体、抗线粒体抗体、抗肝肾微粒体抗体、抗平滑肌抗体，这类抗体的阳性均提示自身免疫性疾病的存在。如抗核抗体和抗线粒体抗体的M2分型阳性，高度提示患者是原发性胆汁性肝硬化。如果患者抗核抗体和抗肝肾微粒体抗体阳性，以及抗平滑肌抗体阳性，提示患者是自身免疫性肝炎。