胃镜在检查过程中，镜子会接触患者的胃液，若存在消化道出血，还可能接触到患者的血液，故对于消毒不合格的胃镜，在进行胃镜检查时，可以通过体液、血液传播的疾病存在交叉感染。实际操作过程中，胃镜中心会严格对胃镜进行清洗消毒。被检者胃镜检查后，对于使用后的胃镜会立即用湿纱布擦拭外表污物，并反复送水送气10秒钟，取下滤镜，装好防水盖，然后进行水洗，多酶清洗，漂洗润滑，消毒，冲洗，最后再进行储存。
清洗后的胃镜干燥后悬挂于专用清洁柜中，灭菌后的附件也会按照无菌的物品存储要求进行储存。对于行胃镜检查所使用的相关物品，每天诊疗工作结束后，还会对吸引瓶、吸引管、清洗槽进行清洗，并用有效含氯量500mg/l的消毒剂浸泡30分钟消毒。进行如此复杂严格的消毒处理，做胃镜时被传染疾病的可能性很小。
