药物流产会导致肚子疼痛。药物流产原理是米非司酮和米索前列醇两种药物配合，两种药物的使用存在适应症，即需要在停经49天前使用。米非司酮目的是让胚胎从子宫壁脱落，然后应用米索前列醇促使排出。此过程在服用米非司酮时，不一定有腹痛或腹痛较轻微。

但服用米索前列醇时，由于米索前列醇属于前列腺素药物，会引起子宫收缩。子宫收缩一方面让宫口扩张，另一方面促使孕囊从子宫内排出。在子宫颈扩张以及孕囊排出的过程，子宫肌层强烈收缩。由于子宫肌层强烈收缩、子宫肌壁血管受压，子宫处于缺血、缺氧状态，进而会出现疼痛，此种疼痛与月经痛经相同。因此，药物流产会出现疼痛。