6cm卵巢囊肿多为疾病所致，一般不会自然消失。但特殊情况下6cm卵巢囊肿可以自行消失，具体如下：

1、女性怀孕期间卵巢功能旺盛，6cm的生理性卵巢囊肿可能会自行消失；

2、注射促排卵针的患者，6cm的生理性卵巢囊肿同样可能会自行消失；

3、月经不调的患者出现的6cm卵巢囊肿可能是生理性囊肿，也存在消失的可能性。