全球已有三种预防性HPV疫苗，即针对HPV16/18的二价疫苗、针对HPV6/11/16/18的四价疫苗、针对HPV6/11/16/18/31/33/45/52/58的九价疫苗。三种HPV疫苗在接种年龄、有效性和交叉保护作用、保护期限以及不良反应方面存在区别。

1、接种年龄：接种二价、四价及九价HPV疫苗的时间分别为9-45岁、20-45岁及16-26岁；

2、有效性和交叉保护作用：HPV疫苗对无HPV感染的人群有高度有效性，二价和四价疫苗对HPV16/18导致的宫颈高度癌前病变及癌、阴道和外阴高度癌前病变及癌的保护率可达98.0%-100%。四价疫苗还可以预防90%-100%的HPV6/11引起的男性阴茎、肛周及外阴的尖锐湿疣。九价疫苗除具有不劣于四价疫苗对HPV6/11/16/18持续感染及相关病变的预防效果外，还能预防97%的由HPV31/33/45/52/58引起的宫颈、外阴及阴道部位的高度癌前病变和癌。二价和四价疫苗还可对HPV16/18之外的其他HR-HPV型别有一定程度的交叉保护作用，尤其是对HPV31/33/45；

3、保护期限：二价、四价和九价疫苗的最长随访报道分别是9.4年、10年和5.6年，在以上随访时间点HPV疫苗(3剂次)对疫苗相关HPV型别感染和所导致的病变仍具有免疫原性和有效性；

4、不良反应：大部分接种对象仅有轻微的不良反应，严重的局部或全身性不良反应很少发生，与疫苗可能有关的严重不良事件十分罕见。常见的不良反应主要是局部疼痛、红肿，发热是最常见的全身不良反应。九价疫苗与四价疫苗相比，局部不良反应的发生率略高(90.7%比84.9%)，但全身不良反应如头痛、发热、恶心和疲劳等无差别。二价和四价疫苗有较好的安全性，均没有证实HPV疫苗接种与不良妊娠结局(出生缺陷、死胎、自动流产等)有关。