拉肚子即腹泻，腹泻时吃奥美拉唑胶囊没有任何作用。多数腹泻病因是病毒或细菌感染，引起肠道炎症，肠道排空异常，包括肠道分泌增多。但奥美拉唑胶囊主要是用于抑制胃酸的分泌，可以治疗反酸和烧心的症状。所以，奥美拉唑对于腹泻没有治疗作用。
但部分腹泻急性胃肠炎患者会合并有恶心、呕吐的症状，大量含有胃酸的食物就会经食道呕吐到患者体外。在这个过程中，部分患者反酸烧心的上消化道症状非常重时，医生会处方奥美拉唑，其目的主要是减轻胃酸对食管的腐蚀，以及反酸和烧心的症状，但并不是用来治疗腹泻的。
如果患者仅出现腹泻情况，医生一般不会处方奥美拉唑。通常会查血常规，来判断腹泻是由细菌感染，还是病毒感染引起的，然后根据病因给予不同的治疗。
