导致胎儿畸形发生的原因有很多，主要包括以下几方面：

1、先天性遗传因素，多是指父母遗传物质异常造成畸形，最常见父母染色体异常、父母携带异常基因、胎儿基因突变等；

2、母体与环境因素改变，主要包括妊娠早期接触化学物质，如重金属铅、汞，以及农药，大量吸烟、酗酒等。此外，还有病毒感染，尤其是风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒、弓形虫、梅毒等。食物因素，如果食物中叶酸缺乏，可以增加胎儿神经管缺陷风险。妊娠合并症，如妊娠合并糖尿病等，可以增加胎儿畸形风险。

所以，孕妇怀孕期间需注意以上相关因素，并定期进行规律产检。