舌下囊肿首选手术治疗，即将囊肿以及相关腺体一并摘除，基本可达根治效果，可有效预防复发。如果患者不愿选择手术治疗，亦可尝试保守治疗方法，囊腔内注射碘酊以破坏囊肿上皮细胞，阻止黏液分泌，以达到治疗效果。

舌下囊肿如果不治是不会自愈的。有的时候我们将囊肿咬破，黏液流出来后，囊肿可有一定缩小，但通常一段时间后会逐渐复发。其原因为囊肿被咬破的伤口闭合之后，其分泌的唾液依旧不能排出，导致舌下囊肿反复发作，可能影响进食及说话，所以舌下囊肿最终可能需要治疗。