肠镜检查相对比较安全，很少发生穿孔，除非自身有严重疾病，比如结肠肿瘤、重度溃疡性结肠炎、克罗恩病、肠道结核。由于这些病灶侵犯黏膜、黏膜下层、基底和浆膜层，做肠镜检查过程中，要打气，所以本身病变比较严重者容易发生穿孔。

一旦发生穿孔，病人会出现剧烈腹痛、压痛，或者反跳痛，在几分钟到十几分钟就能够发现。如果发现穿孔，停止肠镜检查，打钛夹，给予迅速处理。