头孢克肟一般不会导致胎儿畸形。头孢克肟属于头孢类抗生素，在美国FDA的妊娠期药物分类标准里，属于妊娠期B类药物。妊娠期B类药物一般在动物实验中，没有发现对于幼鼠的胚胎造成明显的不良影响和致畸作用，所以也是在妊娠期可以使用的药物。

当然，建议在妊娠期尤其是在妊娠早期，也就是怀孕12周以内，尽量不要使用任何药物，尤其在妊娠早期，胚胎的各个器官、系统处于快速分化发育的时期，外来的一些药物和毒物等不良因素的影响对胚胎影响较大，有可能会增加流产、胚胎停育，甚至胎儿畸形的发生风险。

所以在妊娠早期，一定要尽量少接触药物、毒物和一些有毒有害的物质，所以在怀孕早期用药，一定要及时咨询产科医生，是否可以使用相关的药物。

但是如果在妊娠期出现严重的感染，比如上呼吸道的感染、肺炎等，需要进行抗生素的抗炎治疗，这时选择抗生素就很重要。而头孢克肟这类头孢类的抗生素，是妊娠期间允许使用的。