干燥综合征的发病原因可能和遗传因素、病毒感染有关。病毒感染目前发现和EB病毒、HIV病毒、逆转录病毒有关系，除此之外，还和自身抗原产生有关，对SSA抗体、SSB抗体，本身是自身成分，但在细胞凋亡的时候抗原组暴露，变成免疫原，引起抗原抗体反应，也可以作为自身抗原。

腺上皮细胞功能异常，产生抗原，和干燥综合征有关。在多种因素作用下机体的免疫功能异常，T细胞、B细胞分化异常，引起一系列组织炎症反应引起干燥综合征，主要侵及腺体。