生殖细胞瘤一般常见有三个位置：松果体区，鞍区即垂体柄位置，基底节区。所以不同的部位手术会出现不同的并发症，具体如下：
1、松果体区，术后病人最常见的并发症是上视困难，因为该位置有一个管眼球活动的中枢，做完手术后病人眼球上抬困难。病人术前大部分是脑积水，有些病人做完手术以后，脑脊液通路如果没打通，脑积水还会继续存在，还得处理脑积水；该位置还有听觉中枢，极少数病人做完手术以后会有听力的下降；
2、鞍区位置手术以后，病人会出现电解质紊乱，比如低钠、小便增多即尿崩症，极个别严重的会出现昏迷，但这种情况相对较少；
3、基底节区，基底节区正好是管运动的中枢所在的位置，这个位置做完手术后，病人很容易出现肢体瘫痪。