婴儿如果完全按照医生的医嘱服用和使用镇静剂，通常无明显后遗症，甚至无明显的、较严重的副作用。镇静剂主要作用于神经系统，用于镇静。当孩子进行CT、核磁共振等检查时，需要保持安静状态。但是婴儿经常不配合，尤其是2-3岁的孩子，比较害怕检查，动会造成成像不稳，无法进行检查，此时需要使用镇静剂。部分惊厥婴儿，如在儿科较常见的热性惊厥，婴儿发烧就抽搐，亦需要使用镇静剂。婴儿的癫痫等治疗都需要使用镇静剂，如果按正常的剂量服用，就无较多副作用以及后遗症。

部分癫痫治疗需要长期服药，可能服用时间长了以后，婴儿会出现耐药性，可能服药的前1个月效果较好，随着服药时间延长，药效可能会较差。如果过量服用苯巴比妥、鲁米那等镇静剂，婴儿会出现共济失调表现，如眼球震颤、站立不稳，但通常为一过性出现，症状可以随着药物的排出而消失。药物通常经过肝脏代谢、肾脏排泄，所以肝、肾功能欠佳的婴儿注意使用镇静剂，极较少数情况下会对肝、肾产生影响，但是几率较低。个别病例可能会出现巨幼红细胞性贫血，亦较罕见。