一般情况下，蛛网膜囊肿从发生到最后不会有太大的变化。只有极少数囊肿，临床大宗病例统计约有10%左右囊肿会在整个发展进程中有增大表现。还有不到10%的囊肿会破裂分解，比如表面蛛网膜会破裂，脑脊液可能渗入到的脑脊液循环通路，囊肿自然会消失，但是发生的几率相对较小。
部分蛛网膜囊肿在发生增长的过程中，可能出现囊壁破裂出血，少量出血以后反而会造成蛛网膜粘连，局部囊腔会消失，病人可能出现蛛网膜囊肿的消失。
正常人的颅腔和椎管内存在脑脊液的循环通路，实际上蛛网膜囊肿就是先天性原因、后天性原因，还有发育异常导致的脑脊液循环异常，在局部形成脑脊液囊，称为蛛网膜囊肿。