如果子宫内膜异位症的病灶异位到卵巢上，就会形成卵巢的巧克力囊肿。治疗的目的主要是减灭和消除病灶、缓解并解除疼痛、改善和促进生育、减少和避免复发。治疗时主要应考虑的因素为患者的年龄、生育要求、症状的严重程度、病变的范围、既往的治疗史以及患者就诊的医院。
治疗的方法可以分为手术治疗、药物治疗、介入治疗以及辅助生育治疗等。对于卵巢子宫内膜异位囊肿首选手术治疗，而手术治疗中首选腹腔镜治疗，因为腹腔镜治疗属于微创方法，术后恢复快，粘连少，一般在术后先给予GnRHa治疗，3-6个月之后再给予激素治疗。而对于合并不孕又有生育要求的患者，术后要尽快进行辅助生殖，比如IVF-ET。但如果术后复发，再次手术时需要慎重。
