青少年肌阵挛跟其他癫痫一样，一旦经基因筛查、脑电图检查确诊，然后根据病人意愿和家属意愿开始治疗。不能因为发作较平缓、较轻就不用药，病情不会自限。青少年肌阵挛最佳治疗时间是发病两次后评估治疗，不能病情严重才治疗。如发作一次，可以观察，根据病人实际情况确定是否进一步治疗。

青少年肌阵挛常用药物是丙戊酸，如丙戊酸钠、丙戊酸镁，治疗效果不错。部分病人未坚持用药，中途自行停药造成病情加重。极个别病人治疗效果欠佳，需终身服用丙戊酸。