手指第二关节疼痛的原因，如下：

1、有劳损，长时间使用手，比如修理工、做拧动作的工种，长时间做活动，手指会发生劳损，引起比较明显的疼痛；

2、局部炎症，比如类风湿关节炎会引起指间关节非常明显的疼痛；

3、肿瘤，比如指间内生软骨瘤、关节软骨破坏，都可以引起非常明显的疼痛；

4、指间关节的外伤，比如手部的外伤，比如撞、碰都可能引起比较明显的疼痛。至于引起指间关节疼痛的原因，需要根据患者病因、疼痛程度，最好到正规医院做检查，从而达到非常合理的对症治疗。