食管癌可通过胃镜检查结果进行判断，食管胃镜加局部病灶的活检是食管癌诊断的金标准。中晚期食管癌的病灶很大，通过胃镜的检出率基本上可达到100%，早期的食管癌起病较隐匿，部分尚未突破食管的黏膜、血管，而胃镜只能看见表面，所以早期食管癌通过胃镜的检出率大概在85%左右。
另外，胃镜结合碘染不着色区域的活检可以进一步提高早期食管癌的检出率。碘能与正常细胞富含的糖原结合，而肿瘤细胞由于糖原消耗过快，糖原含量非常低。碘剂在食管黏膜染色后，正常的细胞为深染色，肿瘤细胞不着色或染色非常浅。对不染色区域进行多点活检，甚至深部活检可更早地发现食管癌的临床表现，所以食管癌结合现有的临床手段基本能达到100%的检出率。
