造成身高矮小的原因有先天性因素，也可能由于营养不良、运动量少等原因导致，具体内容如下：

1、先天性因素：即基因决定，如果父母身高比较矮，可能下一代身高相对较矮，但这并非决定因素；

2、营养不良：由于缺乏钙、维生素D或者体内生长激素、甲状腺激素分泌不够。在生长发育期，如果缺少激素刺激，也会造成身高变矮，如果营养不良会导致生长发育所需要的必需元素缺少，从而导致骨骼发育受到延迟，造成身高矮小，属于主要原因；

3、运动量少：如果不注意进行功能锻炼，不进行户外活动，也会造成骨骼生长比同龄人矮小。

去除危险因素后，才能够使身高逐渐变高，在青春期能够使骨骼更好的生长、发育。如果出现生长发育比较迟缓的情况，要到医院及时进行检查，尤其是激素水平检查，可以了解生长激素、甲状腺激素等情况，避免延误疾病治疗。同时也应该适当补充钙、维生素D，避免出现骨骼生长原料缺乏问题，才能够使身体不受到后天因素影响。