如果患者的囊肿较大，占据了肾脏组织，通常建议患者进行手术治疗，常用的手术就是腹腔镜下肾囊肿去顶术。患者需要在全麻下进行手术，全麻成功后，患者通常会以侧卧位姿势接受手术，手术过程如下：
1、在患者腰腹部位建立三个通道，通常是在皮肤上打一个孔，深入到肾脏周围，其中一个通道会放置内镜观察内部结构，另外两个通道会放置超声刀和钳子；
2、通过钳子与超声刀的配合，首先找到肾脏，对肾脏进行充分游离，然后找到肾脏上的囊肿，用超声刀将囊肿顶部的部分囊壁剪掉，然后将囊肿内的囊液彻底吸出，之后将囊肿内残余的囊壁内部填充脂肪。最后取出观察镜、超声刀、钳子，缝合切口，手术就基本完成了。
