肛瘘主要指肛门周围皮肤出现外口，通过肛瘘瘘管和肛门直肠相连通，外口经常会发生渗液、流脓或局部严重疼痛等。如果是急性肛周脓肿发生肛瘘，口服抗生素即消炎药，可以使局部炎症消退、消肿、止痛。如果是新鲜肛瘘，瘘管可能愈合。

对于患病时间较长，用药物治疗效果不好，但可以使用外用药物，比如外洗的中药或者是坐浴，使局部的炎症得到进一步的吸收和消退。此外，还可以用药物或栓剂塞到肛门或者抹到肛门外口，也可以使局部炎症进一步消退、消肿，减轻肛瘘炎症症状。但吃药治肛瘘效果并不理想。