非梗阻性肥厚型心肌病严重程度，相对梗阻性肥厚型心肌病较轻，但患者仍需引起重视。梗阻性肥厚型心肌病为左室流出道狭窄，导致心脏射血功能下降，机体重要脏器，尤其大脑血液供应受到一定影响，患者可出现晕厥或心律失常表现。
非梗阻性肥厚型心肌病若未进行治疗，可诱发心肌缺血，如恶性心律失常、心室肌纤维化、心室重构、心室扩大及心力衰竭等并发症，需积极治疗，不可任其发展。