肠瘘的常见原因有手术、创伤、腹腔感染、恶性肿瘤、放射性损伤、化疗、肠道炎症、感染性疾病等多方面因素，临床上肠瘘主要发生于腹部手术后，是术后发生的严重并发症，主要原因是术后腹腔感染、吻合口略开、肠管血运不良。

吻合口瘘、小肠炎症、结核、肠道憩室炎、恶性肿瘤、外伤感染、腹腔炎症脓肿也可以直接穿透肠壁，引起肠瘘。有些胃炎性肠病本身的并发症，如克罗恩病也可引起内瘘或外瘘。

根据临床资料分析，肠外瘘以继发于腹腔脓肿、感染、手术后的肠瘘最为多见，肠内瘘常见于恶性肿瘤、放射治疗和化疗，但比较少见。