纤维支气管镜可以检查出的疾病很多，纤维支气管镜诊断疾病的方式具体如下：

1、直视：通过纤维支气管镜的直视，可以看到气管、支气管，尤其是段、段以上的支气管黏膜的改变，如果有新生物可以直接看到，可以肉眼观察黏膜管腔是否有狭窄或分泌物，黏膜是否有充血、水肿、溃烂，以及是否有新生物，对诊断气管、支气管炎症、非炎症的疾病比较有效；

2、活检：通过纤维支气管镜看到气管、支气管，尤其是段、段以上的支气管有新生物、脓液以及黏膜溃烂等改变，尤其是组织学的改变，可以通过局部的活检来确诊其性质。如果是恶性，组织学病理可以确诊是哪一种支气管肺癌，看不到的地方可以做盲目活检。倘若在段、段以下某个部位，可以在X线的引导下做盲目活检或组织学的检查，进一步明确支气管、肺部病灶的性质；

3、灌洗、刷检：感染性疾病可以通过刷检找到致病菌，非感染性疾病通过灌洗、刷检可以找到相应的细胞，得到组织学、细胞学、免疫组化、免疫指标等相关的证据。

因此通过纤维支气管镜的直视、活检、刷检以及肺泡灌洗，可以诊断很多支气管、肺部的炎症和非炎症的疾病。在非炎症里疾病能诊断支气管肺癌自身免疫系统的疾病及其它疾病，因此纤维支气管镜是呼吸系统鉴别诊断是非常有价值的一种检查方法。